ちゃんと止めてください。

Hyper Estraierが稼働中は注意しないといけない。estmasterを無闇に止めると確実にインデックスが破損する。ちゃんと終了処理が為されればいいんだけど、もしマシンごとハングアップしたとか、そうなるとアウト。estcmd repairで直ることもあるけど、さっき落っことしたら修復すら効かない。
acts_as_searchableで使うならオリジナルはPostgreSQL側にあるから、script/consoleで入ってModel#reindex!を叩けば復旧できるけど、レコードの量に応じて処理時間がかかるからこれは最後の手段。ちゃんとバックアップを取っておかないと。ただ、PostgreSQL側とHyper Estraier側に食い違いがあると後からエラーが大発生しかねないから、結局異常時にはサービスを止めた上でreindex!するのが無難かな。