MySQLを入れて試したところ、例外は出なくなった。やはりdisk storeだとキューに入れすぎると落ちるらしい。

AP4Rをdisk storeモードで動かしていて、調子に乗ってap4r.async_toで大量の処理をキューに放り込むと「Too many open files - hogehoge.msg (Errno::EMFILE)」が発生する。ファイル開きすぎ、ってことなのでメッセージストアにMySQLを使えばおそらく解決す…